会计学科是学校百年历史演进中最老的学科之一。教学历史最早可追溯到建校初期商科（专业）中设置的《簿记学》课程。商科专业毕业的杰出校友章乃器（中国首任粮食部部长，著名的革命家、理财家和经济学家）、骆耕漠（曾任新四军财经部部长、国家计划委员会副主任，著名的革命家和经济学家）分别在1918年和1922年学习了《簿记学》课程并取得了优异的成绩，在其革命生涯中从事过财会工作，并在全国财经管理工作中做出了杰出贡献。我国著名会计学家、会计教育家刘炳炎教授曾在上世纪三十年代中期执教本校商科专业的会计学课程。1942年，学校曾在商科中增招了一期一年制的会计班。1943年开始，学校在商科之外正式独立设立“会计科”。后学校几经变迁，会计科（专业）始终是学校的主干专业之一。1980年，经国务院批准正式成立杭州商学院，会计专业是建院时的五大专业之一，隶属于企业管理系，会计学科带头人许新源（36届）教授兼任企业管理系副主任。1984年，会计和计划统计两专业从企业管理系中分出，单独成立计统财会系；1987年又将计统财会系分为会计系和统计系，首任会计系主任是沈炎雄（54届）副教授。上世纪八十年代是学校会计本科教学和学科建设的起步阶段，但作为国内五大商学院之一，取得的成绩在会计理论和实务界占有一席之地，也培养了包括中国银行副行长王永利（84届），北京大学光华管理学院副院长、博士生导师陆正飞（85届），上海财经大学会计学院院长、博士生导师陈信元（85届），北京工商大学副校长、博士生导师谢志华（87届）等国内会计界知名人士。

随着国内高等教育事业的发展和学校办学规模的扩大，学校会计学科的办学规模和层次也不断提升。1997年开始招收财务管理硕士研究生；1998年开设财务管理本科专业；2001年在会计系基础上成立财务与会计学院，会计学科带头人、博士生导师许永斌（84届）教授是首任院长；2003年取得会计学硕士点和合作申报取得企业管理学（财务管理方向）博士点；2004年开设审计学本科专业；2006年合作申报取得浙江省属高校人文社会科学重点研究基地“企业管理学”；2007年，学院“管理型财会人才培养模式创新实验区”获得教育部、财政部首批国家级人才培养创新实验区立项，会计学专业被增列为浙江省重点专业；2009年，会计学专业被增列为国家级特色专业，会计学科被增列为浙江省A类重点学科，会计学核心课程团队被增列为浙江省省级教学团队，并合作申报取得工商管理一级学科博士后流动站；2020年1月，会计学专业入选首批国家级一流本科专业建设点，财务管理专业入选省级一流本科专业建设点。2021年3月，财务管理专业入选国家级一流本科专业建设点，审计学专业入选国家级一流本科专业建设点。